Без официального
престолонаследника царский двор погрузился в интриги. Высшее духовенство и
аристократия раскололись на два враждующих лагеря. На троне оказался
юный Петр. В день коронации по столице разнесся слух: «Нарышкины отравили
царя Федора и задушили царевича Иоанна». Поднялся бунт, и царский дворец
захватило стрелецкое войско. Призванные защищать престол, стрельцы
стремились диктовать власти свои условия. Подстрекателями стрелецкого бунта
были царевна Софья и ее любовник, князь Василий Голицын. В надежде успокоить
бунтовщиков царица Наталья вышла к стрельцам, ведя за руки Иоанна и Петра. В
первые часы бунта были убиты несколько сторонников Нарышкиных. Стоя на
крыльце, 10-летний Петр наблюдал, как дворцовая площадь утопала в крови.
Стрельцы настояли на признании царями Иоанна и Петра при регентстве Софьи на
время их малолетства.
Царевич с детства отличался
любознательностью. Помимо домашних учителей, он обучался наукам и ремеслам у
многочисленных мастеров, в том числе специалистов-иностранцев, населявших
село Преображенское. Больше всего Петра интересовали корабельное дело и
судостроение. Свое «потешное войско» из сверстников-простолюдинов он
оснастил боевым оружием и обмундированием, а со временем превратил в
настоящий солдатский полк. Царица Наталья настороженно относилась к дружбе с
иноземцами и простолюдинами. В январе 1682 года, надеясь образумить сына,
она женила 17-летнего Петра на 20-летней Евдокии Лопухиной.
При Софье положение царской
власти было непрочным. Военные походы на крымских татар, организованные ее
фаворитом князем Голицыным, окончились неудачами. И хотя сама царевна
пыталась провозгласить эти кампании «весьма успешными», правда вскоре стала
известна. Это вызвало недовольство в народе, который все больше поддерживал
взрослеющего Петра. Софья понимала, что чем старше становится Петр, тем
больше слабеет ее власть. В отчаянной попытке укрепить свои позиции летом
1689 года царевна велела стрелецким полкам захватить Преображенское и
перебить всех сторонников Петра. В случае удачи эта вылазка стрельцов должна
была, как и 7 лет назад, закончиться большим кровопролитием. Однако за день
до «дела», б августа, двое стрельцов переметнулись в лагерь Петра и донесли
ему о планах Софьи. Узнав о готовящейся измене, Петр укрылся от бунтовщиков
в Троице-Сергиевом монастыре. Уже на следующий день туда прибыл собранный
им Преображенский полк и сторонники Петра из стрельцов.
Сам патриарх Иоаким, а за ним и большая часть стрелецкого войска также
встали на сторону Петра, и мятежной царевне пришлось признать поражение. По
приказу Петра Софья была заключена в Новодевичий монастырь под строгий
надзор. «Пребывавший в непрестанном посте и молитве» Иоанн V не желал
принимать участие в правлении и фактически отдал власть в руки Петра.